L'activité éditoriale de l'Irdes repose sur deux axes : d'une part, la diffusion de résultats d'études, de recherche ou d'enquêtes en matière d'économie de la santé s'adressant à un public large : Questions d'économie de la santé, synthèse de 6 à 8 pages dont la lisibilité et l'accessibilité sont les principaux objectifs. D'autre part, la mise à disposition, en premier lieu de la communauté scientifique, de travaux de recherche visant la publication dans des revues à comités de lecture avec les Documents de travail de l'Irdes. Ils ont vocation à alimenter le débat scientifique en servant de support à des séminaires lors desquels ils sont discutés afin d'être enrichis.
Les Rapports de l'Irdes, collection de référence, s'inscrivent dans la continuité de ces deux axes, publiant les résultats complets d'études, de recherche ou d'enquêtes. Ils accueillent en 2020 une nouvelle série « Etudes de cas » qui répond de façon synthétique à un questionnement en s'appuyant sur l'étude de situations sur le terrain, à partir d'entretiens avec des chercheurs et des acteurs du champ concerné.
Enfin, une collection d'ouvrages s'adressant à un public large et diversifié accueille aujourd'hui deux séries : l'une consacrée à des atlas thématiques sur les disparités territoriales de santé (accès aux soins, pratiques médicales…), l'autre à un glossaire français-anglais des termes en économie de la santé.
Ces publications, toutes en ligne dans leur version intégrale sur le site de l'Irdes, sont diffusées au moyen de communiqués de presse et de la Lettre d'information de l'Irdes, lettre électronique mensuelle envoyée à 25 000 destinataires.
Toutes les éditions de l'Irdes suivent un processus de validation. Elles sont relues par des chercheurs et des spécialistes des sujets traités (institutionnels et acteurs de terrain). Présentées lors de séminaires et colloques de recherche français et internationaux, elles sont discutées pour être enrichies.
Les Questions d'économie de la santé font l'objet d'une présentation systématique lors du séminaire interne pouvant réunir tous ces acteurs : les « Mardis de l'Irdes ».